Die Geschichte der Chrischona-Gemeinden in der Schweiz begann 1869, als zwei Chrischonabrüder - am Theologischen Seminar St. Chrischona ausgebildete Männer - in den Kantonen Thurgau und Graubünden evangelistisch tätig wurden. Im Thurgau entstand unter Markus Hauser als Prediger die erste Chrischona Kapelle in Mattwil. Am 10. August 1873 konnte sie eingeweiht werden. Ein Jahr später wurde eine zweite in Schocherswil gebaut. Von da an breitete sich die Arbeit in der ganzen Deutschschweiz und auch in der Westschweiz aus. Eine Besonderheit waren und sind die deutschsprachigen "Stadtmissionen" in der französischsprachigen Schweiz. Heute arbeiten die meisten dieser Stadtmissionen französischsprachig, oder befinden sich im Umstellungsprozess. Später kamen Stadtmissionen im Tessin hinzu (Link zu MPE). 1940 waren bereits 61 Chrischona Prediger im Einsatz. Heute stehen rund 150 Männer und Frauen voll- oder teilzeitlich im Dienst der Chrischona-Gemeinden Schweiz. Die meisten von ihnen haben ihre theologische Ausbildung am Theologischen Seminar St. Chrischona (TSC) absolviert.
Die Chrischona-Gemeinden verstanden sich zuerst als Gemeinschaften neben der Landeskirche und in Ergänzung zu ihr. Seit den dreissiger Jahren des letzten Jahrhunderts hat sich die Struktur immer mehr in Richtung einer Freikirche verändert. Heute hat Chrischona ihren anerkannten Platz als Freikirche in der Schweiz eingenommen. Auf lokaler und nationaler Ebene arbeitet sie mit den verschiedensten Denominationen zusammen und ist Mitglied der Schweizerischen Evangelischen Allianz (SEA).
Seit 1998 ist Chrischona Schweiz als Verein organisiert. Zweimal jährlich treffen sich die Delegierten der Chrischona-Gemeinden zur Delegiertenversammlung, um über verschiedene Themen zu diskutieren und zu beschliessen. Geleitet wird der Verein vom Vorstand Schweiz, dem die Leitung Schweiz als ausführendes Organ zur Seite steht. Die vielfältigen administrativen Aufgaben hat heute die Geschäftstelle Schweiz übernommen.